Археолошки истражувања
Археолошки истражувања на Плаошник се вршени повремено во текот на XX век, а од 1999, се вршат континуирано и систематично. Главно наодите можат да се поделат на претклиментов период кој го опфаќа периодот од праисторијата до IX век, и климентов период кој започнува од 893. година кога Св. Климент Охридски ја изградил црквата Свети Пантелејмон, па сѐ до заземањето на Охрид од страна на Турците во XV век.
Климентов период
Народното предание дека на ова место постои Климентова црква и неговата гробница, било потврдено по првите археолошки ископувања во 1943 година, кога проф. Димче Коцо ги открил темелите на Климентовата црква и во исто време и гробницата на Свети Климент Охридски[3]. Врз темелите на ранохристијанската базилика, од која се зачувани остатоци, била изградена црква со триконхална форма (лист на детелина), архитектонски облици какви што биле негувани во IX век во Византија. Црквата била обновена во XII век, а потоа уште еднаш во XIII век. Понатака кон оваа црква биле доградувани капели, а во XIV век припрата и надворешна припрата со камбанарија. Фреските од првобитната Климентова црква од IX век не се зачувани. Фрагментите на пронајдените фрески, во текот на археолошките истражувања, им припаѓаат на три различни периоди на обновувањето и проширувањето на Климентовиот манастир. По доаѓањето на Османлиите, Климентовата црква била претворена во џамија, позната под називот Имарет џамија, која повеќе не постои.
Меѓу археолошките остатоци во Климетовата црква Св. Пантелејмон се наоѓа и гробницата на самиот свети Климент. Според житието на архиепископот Теофилакт за Климент Охридски, големиот словенски просветител оваа гробница ја направил со своја рака и во неа бил погребан во 916 година.
Врз археолошките остатоци на најстариот словенски манастир Св. Пантелејмон, кој во 893 година го изградил св. Климент Охридски, се наоѓа новоизградениот храм. Завршните ископувања во Плаошник во Охрид, археологот Владо Маленко ги почна есента 1999 година по отстранувањето на остатоците на Имарет џамија. Целта беше да се овозможат услови за возобновувањето на Светиклиментовиот храм. Тогаш археологот Маленко ја откри крстилницата на петтокорабната базилика со кукести крстови (свастики) на мозаичните подови кои потекнуваат од периодот меѓу IV и VI век. Се претпоставува дека ова ранохристијанска базилика во Плаошник врз која бил изграден Климентовиот манастир во IX век била посветена на Апостол Павле. Во Лихнид, денешен Охрид, апостолот Павле христијанството го проповедал во I век од нашата ера.
Во 2007 година било откриено депо со 2383 венецијански сребрени монети од XIV век, сите сместени во керамички сад. Монетите се од извонредно значење, бидејќи ја покажуваат трговската врска помеѓу Охрид, односно манастирот “Свети Климент” и Венеција во XIV век, вели Паско Кузман.
Во моментов (август 2008) во тек се истражувања на конаците на манастирот и Климентовиот универзитет кои се наоѓале во близина на црквата.
Претклиментов период
Во 2008 година откриен е гроб на покојничка од висок општествен ранг од железното време. Се проценува дека откритието датира од преминот на осмиот во VI век пред нашата ера и станува збор за оставнина на Енгеланите, кои во тоа време ја населувале западна Македонија. Гробницата се разликува од сличните откритија пронајдени на археолошките наоѓалишта во источниот дел на Македонија по бројноста на зачуваните артефакти. Телото на покојничката било закопано со бронзена лентеста дијадема поставена на главата на починатата, потоа бронзен појас со трилисни украсни додатоци, масивни бронзени белегзии и други украси.
Во 2007. година, бронзената фигура висока 20 см на човек со крила, наречена „Дедал“ е пронајдена под мозаичната површина. Била откопана од црвена земја која содржи најмалку хемикалии и придонела фигурата да биде сочувана. Била обвиткана со голем слој на патина, па во прв момент не се знаело за каков предмет се работи. Откако ја исчистиле, археолозите сфатиле дека ова е единствено откритие, слична фигура досега не е пронајдена никаде на Балканот, а и пошироко.
Во 2002. била пронајдена монументална и богато украсена ранохристијанска крстилница, каква што досега не е најдена во Македонија. Крстилницата е со огромни димензии, многу поголема од онаа во Стоби, а украсена со прекрасни мозаици кои се со претстави на геометриски и животински фигури. Оваа крстилница била дел од најстарата, а воедно и по своите димензии најголема петокорабна базилика (од 5 век) што е откриена на Плаошник, под Светиклиментовата црква.
Според археологот Паско Кузман, особено богат е и македонско-хеленистичкиот период. Од тој период има остатоци од градби што значи дека тука имало населба во III-II век пр.н.е. и пронајден е многуброен движен археолошки материјал што потврдува дека Лихнидос бил урбано-развиен центар, монденски град на брегот на Охридското Езеро, покрај магистралата Вија Егнација. Според него, значајни наоди има и од Римскиот период од кој за првпат во Македонија се открија подни мозаици во рамките на објект – бања. На мозаиците се презентирани: Тврдината, разни геометрски фигури, орнаменти. И во овој период има остатоци од објекти и храмови и се претпоставува дека таму бил и храмот на богот Дионис.
Во Доцната антика, пак, на Плаошник, почнуваат да никнуваат ранохристијански базилики. Откриени се две монументални ранохристијански базилики – поликохалната црква во северниот дел и тробродната монументална базилика која се наоѓа околу самата Светиклиментова црква. Со овие истражувањa се откри и трета базилика чии основи поминуваат под патеката која што води до куќата на владиката Тимотеј, во близина на Плаошник.
